MRI neuroimaging에서의 기본 사항 - coordinate system

참 많이 헷갈리는 부분입니다.

저의 경우에는 다음과 같이 정리하였습니다.

"Radiological" convention for axes, aka "LAS", left hand coordinate system	환자의 발 쪽에서 위로 봄. 환자의 오른쪽은 영상에서는 왼쪽에 해당함
"Neurological" convention for axes, aka "RAS", right hand coordinate system	환자의 머리 쪽에서 아래로 봄. 환자의 오른쪽은 영상에서는 오른쪽에 해당함 (thumb = R, 2nd finger = A, middle finger = S.)

그런데 이 것을 hand coordination과 연결시켜서도 설명합니다. 이 때 무조건 엄지는 x축, 2nd finger는 y축, 3rd finger는 z축입니다. 즉, 양손을 사용해서 항상 thumb은 X, 2nd finger는 Y, middle finger는 z로 놓는다고 합시다. 

The default ANALYZE orientation is LAS (radiological orientation):

• +X is Left
• +Y is Anterior
• +Z is Superior

LAS는 이 때 왼손으로 설명됩니다. (따라서 left hand coordinate system)

The neurological convention is RAS (only the direction of X is swapped):

• +X is Right
• +Y is Anterior
• +Z is Superior
• 
  

This is also the 'Talairach' and MNI template coordinate system. (주의)

RAS는 이 때 오른손으로 설명이 됩니다. (따라서 right hand coordinate system)

저의 경우에는 radiological convention이 왜 left hand coordination이고 neurological convention이 왜 right hand coordination인지 이해가 가지 않았는데, 위의 순서대로 하니 이해가 비로소 갔었던 부분입니다.

NIFTI allows the left-right orientation of your data to be specified but we do not recommend using anything but radiologically ordered images with this release. Note that fslorient -getorient allows you to see the orientation stored in the header (as does fslhd). FSL treats all Analyze images as being radiologically ordered. You can change orientation by re-ordering the data with fslswapdim or by changing the header info with fslorient. FSLView always shows images in radiological convention.

오류를 일으킬 수 있는 부분이라서 단순하게 정의하면 NIfTI-1에서는 이러한 coordinate system을 정하여 줄 수 있기는 하지만, fsl에서는 이러한 것을 권장하지 않으며 단지 radiological convention, 즉 left hand coordinate system만을 사용하고, fslview에서도 항상 radiological convention으로 이미지들을 보여준다고 이해하시면 되겠습니다.